Avec la rapidité des résultats, la discrétion est souvent demandé par les participants du test de paternité. C’est à cet effet que sont prévues des possibilités d’envoi par pli postal discret, ou encore via une adresse mail précise ou par accès protégé sur le site du laboratoire. De là, beaucoup se posent la question de savoir si leur anonymat est préservé lors d’un test de paternité. Il faut ici bien établir la distinction de régime entre le test de paternité légal et le test de paternité commercial. Le premier vise à faire la preuve d’un lien de filiation au cours d’une procédure judiciaire. Il est donc normal que l’identité des participants soit d’abord relevée, puis contrôlée au moment du prélèvement des empreintes génétiques. Sans ça, il ne serait pas possible d’établir judiciairement que X est le père de l’enfant Y. La question de l’anonymat ne se pose donc dans ce cadre que concernant la conservation ultérieure des données, dont le régime dépend selon les législations nationales envisagées. En la matière, la règle est souvent le cloisonnement des domaines. C’est ce que l’on a pu voir lorsqu’une jeune femme a demandé à ce que soit fait un test de paternité sur le criminel belge Hans Van Themsche. Bien que la police disposait déjà de ses empreintes génétiques dans le fichier dédié aux criminels, il a fallu recommencer car le juge civil ne pouvait légalement utiliser les données dont les services policiers disposaient pourtant déjà.

Lorsque le même test de paternité est commandé sur internet, les règles diffèrent puisque l’interlocuteur aussi. Ce n’est là plus à l’État et à la justice que l’on a affaire, mais à un laboratoire privé. En théorie, ces prestataires de service sont tenus de se conformer aux lois en vigueur sur les fichiers informatiques relatifs aux empreintes génétiques, c’est à dire qu’ils ne peuvent normalement pas constituer leur propre base de données de manière concurrente à l’administration étatique. Pourtant, les vérifications quant à cette obligation sont rares, ce qui n’empêche techniquement pas un laboratoire de se constituer un fichier privé même si l’hypothèse reste peu probable : cela demande du temps, de l’argent, et beaucoup d’espace de stockage informatique. Certains laboratoires ont toutefois pris pleinement conscience de ces questions, et proposent dans leurs garanties des règles relatives au respect de la vie privée. Il convient donc que le client vérifie ce qu’il en est chez le vendeur à qui il s’adresse, quitte à se renseigner auprès du service clients pour en être certain. S’ils respectent les impératifs liés à la vie privée des participants, les laboratoires ne garderont pas de trace faisant le lien entre les prélèvements qu’ils ont et les personnes à qui ils appartiennent. C’est pourquoi les kits permettant le test de paternité contiennent des enveloppes anonymes qui ne sont reconnaissable qu’à la couleur, au numéro ou à la lettre, et ne portant donc pas mention du nom de l’enfant ou du père présumé. La seule information d’identité nécessaire est celle qui client qui paye le test de paternité, ainsi qu’une adresse physique si jamais ce dernier fait le choix de recevoir les résultats de son test de paternité par courrier.