La méthode du test de paternité doit sa fiabilité au fait que chaque humain ait un profil génétique propre. C’est notamment ce qui explique la probabilité de paternité de 99,9999% que l’on retrouve généralement sur les résultats de test de paternité. Le cas des frères jumeaux vient mettre à mal cette théorie : dans certaines hypothèses, ils peuvent avoir le même profil génétique. Impossible dès lors de les différencier avec un test de paternité classique puisque les marqueurs analysés seront les mêmes. Rappelons tout d’abord que ce cas de figure n’est envisageable que pour les jumeaux monozygotes, c’est à dire issus d’un seul œuf fécondé qui se divise en deux. Ils sont ceux que l’on appelle communément les « vrais jumeaux », en opposition aux « faux jumeaux ». Ces derniers se développent côte à côte dans le ventre de la mère ; en revanche, ils n’ont pas le même patrimoine génétique puisqu’ils sont issus de la fécondation de deux ovules différents. Ceux là peuvent donc être identifiés nommément au cours d’un test de paternité comme n’importe quelle autre personne. Le cas s’est encore vu aux États-Unis, où une mère a agi en justice contre son ex-compagnon pour subvenir aux besoins de leurs deux filles jumelles. Le juge a ordonné un test de paternité comme c’est maintenant le cas dans de nombreuses procédures civiles. Les résultats ont démontré à la surprise de tout le monde que l’ex-mari n’était en fait le père que d’une seule des jumelles. Les enfants venaient de deux ovules différents fécondés par deux géniteurs différents à une semaine d’intervalle.

Le test de paternité peut donc différencier les faux jumeaux ou jumeaux dizygotes, mais qu’en est-il des vrais jumeaux ? Jusqu’à récemment, c’était encore impossible de les différencier puisque leur profil génétique est identique. Une solution a cependant été trouvée grâce à l’avancée dans les méthodes de séquençage de l’ADN, grâce à des modifications minimes qui interviennent de manière propre à chaque jumeau. On a constaté que même s’ils partent du même profil génétique, d’infimes mutations interviennent de manière aléatoire chez chacun des jumeaux, si bien que cette infime partie diffère de l’un à l’autre. Ce sont ces mutations que va chercher le test de paternité, afin de différencier chacun des jumeaux. La méthode demande une analyse complète du profil génétique (et plus seulement quelques marqueurs), prend beaucoup de temps, de moyens, mais rend possible la distinction de deux jumeaux au moyen de cette prouesse technologique. Même s’il entraîne un surcoût, un test de paternité peut désormais faire la distinction entre deux jumeaux quant au père présumé, et entre deux enfants lorsqu’on veut chercher leur filiation.