Bien que très sûr, le test de paternité peut rencontrer des obstacles empêchant d’en tirer des résultats concluants. Ils peuvent être de diverse nature, mais sont pour la plupart évitables en suivant strictement la procédure de prélèvement indiquée par le laboratoire :

– La contamination : c’est le résultat de la présence d’ADN étranger sur l’échantillon. Pour comparaison, il est demandé dans chaque enveloppe l’ADN d’un seul participant. Cependant, de mauvaises manipulations peuvent mener à un tel écueil : manipulation de l’écouvillon par la tête, conservation aléatoire… auquel cas le laboratoire ne pourra procéder au test de paternité, ne sachant pas quel empreinte ADN choisir.

– Les échantillons non-standards : autre solution pour faire un test de paternité, les chances de succès qu’ils offrent sont variable selon leur nature. Ainsi, il ne sera pas aussi aisé d’extraire de l’ADN d’une tâche de sang que d’une vieille molaire ; d’autres facteurs bloquants peuvent intervenir, tels que la présence de corps étrangers empêchant l’isolation ou la réplication de l’ADN en laboratoire (comme le café, le dentifrice, certaines boissons…).

– La fraude : le cas est ici légèrement différent, car il ne s’agit pas d’une simple erreur des participants mais d’une erreur dans la tentative de tricher. C’est souvent le cas lorsqu’une personne cherche à forcer les résultats du test de paternité, de manière positive ou négative. On a ainsi vu des pères insérer dans l’enveloppe réservée au père des poils animaux, ou des mères y mettre un échantillon de leur propre ADN. Ces deux méthodes sont bien évidemment repérées par les laboratoires, qui vérifient que l’échantillon d’ADN présenté pour le père est bien de nature humaine et masculine.

– Les chimères : ce dernier cas est unique, et la première erreur documentée d’un test de paternité pour cette raison date de 2015 ! Il s’agit en l’occurrence d’une cohabitation anormale de deux ADN différents chez le même individu. Selon l’endroit du corps prélevé, il peut en découler des résultats différents pour un test de paternité.