Si l’on sait qu’il est facile de faire un test de paternité, on sait déjà moins s’il est possible de le faire en toute discrétion. La procédure standard respecte la vie privée des clients, mais ne cherche pas à dissimuler des informations entre les participants même du test de paternité. Pourtant, différentes modalités existent pour permettre au laboratoire de donner une réponse à la majorité des cas de figure rencontrés. Il se trouve que parfois, faire un test de paternité ou en annoncer les résultats à quelqu’un peut être inopportun ; on imagine ainsi bien qu’une mère ayant des doutes sur la paternité de son enfant évitera de révéler de manière abrupte des résultats compromettants. Plus en amont, il se peut même que la simple initiative du test de paternité soit prise par l’enfant ou le concubin comme un signe de méfiance. C’est pourquoi des solutions existent pour opérer en toute tranquillité lorsque la question de la filiation biologique se pose sérieusement.
La première se trouve dans les échantillons non-standards. Contrairement au frottis buccal habituellement demandé, ces échantillons peuvent se trouver dans l’environnement quotidien. Il est en effet très aisé de récupérer des cheveux, des ongles, une brosse à dents… sans que la personne concernée ne s’en rende compte. C’est d’ailleurs le principe même d’un dérivé du test de paternité : le test d’infidélité. Une mère peut donc envoyer un échantillon à l’insu du père présumé dans le but de savoir si la filiation connue de son enfant est erronée. Inversement, un père peut discrètement vérifier si un enfant est bien le sien avant d’engager une procédure de divorce. Rappelons néanmoins que le consentement des participants est théoriquement nécessaire pour tout test de paternité ; mais le laboratoire ne pouvant contrôler directement cet aspect, les participants prennent toutes leurs responsabilités concernant les échantillons qu’ils envoient.
D’autres modalités de confidentialité peuvent venir se greffer à de telles procédures si le client le souhaite. Ainsi, le choix de communication des résultats peut s’avérer plus ou moins discret selon les cas : envoi par mail, courrier… la solution la plus sûre étant la connexion sur un compte nominatif directement sur le site du laboratoire. Ce faisant, il n’y a que les personnes connaissant le mot de passe qui pourront aller directement voir les résultats (et même savoir qu’il y a eu un test de paternité). Même par courrier, les envois peuvent se faire sous pli discret afin que l’on ne puisse pas identifier la lettre comme émanant d’un laboratoire qui fait des tests de paternité.