D’un strict point de vue technique, le test de paternité commercial standard est identique à son homologue légal. Pourtant, il ne permet pas à ses participants de prétendre aux mêmes droits qu’un test de paternité légal. C’est ce que signifie la mention « test de paternité non-juridique » que l’on retrouve accolée aux résultats de la plupart des tests réalisés en laboratoire privé. Se pose alors la question qui suit : si le test de paternité légal et le test de paternité commercial suivent un protocole strictement identique, pourquoi puis-je seulement utiliser l’un et pas l’autre dans le cadre d’une procédure judiciaire ?
Le principal problème tient à l’identité des participants, et plus précisément à la certitude qui l’entoure. Lors d’un test de paternité commercial, ce sont les participants qui attestent de leur identité ainsi que de leur consentement. Ainsi sont joints au kit de prélèvement des formulaires à remplir par chaque personne prélevée (ou son représentant légal). On l’aura compris, le système fonctionne sur la bonne foi de tous les participants. C’est ce qui permet de fausser beaucoup plus facilement un test de paternité commercial qu’un test de paternité légal. Au contraire, le test de paternité légal vérifie l’identité des participants dans un laboratoire doté d’une accréditation. C’est ce qui explique que d’illustres inconnus comme Thomas Kenny finissent pourtant par se retrouver dans la rubrique « faits divers » du journal. Avant le prélèvement donc, il est demandé pour le test de paternité légal que les participants confirment leur identité à l’aide de documents officiels. Pourquoi ? Car les résultats sont susceptibles d’avoir des conséquences juridiques sur les participants. Il est donc primordial de s’assurer que les analyses concernent les bonnes personnes avant d’y procéder (surtout au vu du poids que peut prendre une pension alimentaire payée jusqu’à la majorité d’un enfant).
Un autre problème soulevé par la législation française est l’utilisation plus ou moins légère du test de paternité commercial. Une question posée au ministère de la Justice par le sénateur Guerriau a fait état de ces réticences à banaliser le test de paternité. Dans la réponse, il était invoqué le souci de fiabilité, mais aussi la protection des individus quant à des résultats dont l’annonce peut être dévastatrice.