Malgré la simplification à l’extrême de la procédure, il se peut que des éléments viennent empêcher la bonne tenue du test de paternité. Dans les meilleurs cas, ils ne font que l’entraver ; dans les pires cas, ils l’empêchent tout bonnement. Quelles sont ces entraves qui peuvent faire de cet acte simple un parcours du combattant ? Il faut tout d’abord savoir que la phase de prélèvement est la seule du test de paternité où les participants prennent une part active. Pour le reste, tout est réalisé en laboratoire par des professionnels. Si la question ne se pose pas pour le test de paternité légal, elle reste à envisager dans le cas du test de paternité commercial. En effet, les participants reçoivent un kit à domicile qu’ils doivent utiliser puis renvoyer au laboratoire. C’est là que des instructions que l’on suit mal ou dont on s’affranchit frauduleusement peuvent mener à la non-réalisation du test de paternité.
Envisageons tout d’abord le cas de l’erreur. Il se peut que pendant le prélèvement, de mauvaises manipulations viennent parasiter le prélèvement d’ADN : c’est ce que l’on appelle la contamination. Un des exemples les plus parlants en la matière a été l’affaire du fantôme d’Heilbronn : il s’agissait alors de retrouver l’auteur de multiples meurtres, cambriolages et actes de violence à travers toute l’Europe. On s’est rendu compte plusieurs années plus tard qu’il s’agissait non pas d’un seul criminel très productif, mais d’une contamination des écouvillons servant à réaliser les tests ADN au sein même de l’usine qui les fabriquait par une employée. C’est donc non pas l’ADN des criminels qui était retrouvé par les laboratoires, mais celui de ladite employée. À plus petite échelle, cela peut se produire à domicile lors de mauvaises manipulations des écouvillons. Si une mère prend par exemple avec ses doigts la tête de l’écouvillon destiné au père présumé ou à l’enfant, il y a de grandes chances pour que l’échantillon soit contaminé par son ADN.
L’autre cas pouvant mener un test de paternité à l’échec est celui de la fraude. C’est aussi là que l’on relève les tentatives les plus insolites : il est déjà arrivé qu’une participant insère des poils canins dans l’enveloppe au lieu d’un échantillon propre au participant concerné. Plus simplement, il arrive aussi que des mères fassent un test de paternité avec un échantillon leur appartenant, qu’elles envoient au laboratoire avec celui de l’enfant. Ainsi, elles pensent réussir à obtenir un test de paternité positif, puisqu’elles sont biologiquement parent de l’enfant. C’est sans compter sur les contrôles préalables des échantillons. En l’occurrence, le laboratoire vérifie systématiquement s’il est bien en présence d’un échantillon de type mâle dans l’enveloppe destinée au prélèvement du père présumé.