Le test de paternité est un test ADN, sans que l’inverse soit obligatoire. De là, une confusion se fait souvent entre test ADN, test de paternité et identification par empreintes génétiques.Il est possible d’identifier une personne par ses empreintes génétiques, il est possible d’établir un lien de filiation par le biais d’un test de paternité, mais il n’est pas envisageable d’identifier une personne par le biais d’un test de paternité. Le fait de mettre un nom, une personne et un état civil sur un profil génétique est d’un ordre tout autre. C’est pour cette raison que les tests de paternité sont anonymisés. Pour un test de paternité que l’on commande sur internet, il ne sera a priori pas demandé de nom du participant. La chose irait à l’encontre de la protection de la vie privée, et poserait des problèmes quant à la conservation des données en fichiers (ce qui est représenté par l’existence de la CNIL en France). En lieu et place du nom et du prénom, les formulaires contiendront donc des champs pour un participant 1 qui sera l’enfant, et un participant 2 qui sera le père présumé. Dans la mesure où les noms ne sont pas indiqués sur les échantillons, il convient de faire attention à l’enveloppe dans laquelle on les insères pour les envoyer au laboratoire (une pour le père présumé, une pour l’enfant, encore une fois). Toujours dans cette optique de protection de la vie privée et des identités, les résultats seront aussi envoyés sous forme neutre. Cela se traduira par l’annonce d’une probabilité de paternité entre le participant 1 et le participant 2. Ainsi, seuls les personnes qui connaissent déjà l’identité des participants en questions peuvent savoir entre qui se fait le lien de filiation décelé par le test de paternité.
Pour un test de paternité judiciaire, la question de l’anonymat semble exclue. Le but étant de déterminer si un père présumé bien précis et pour lequel on a un certain nombre de preuves, est le père ou non d’un enfant. Par ailleurs, c’est bien sur le fondement d’indices tangibles et sérieux que le juge ordonnera que soit réalisé un test de paternité, ce qui implique déjà un début d’indication sur l’identité du père. Puis au moment du test de paternité judiciaire en lui même, l’identité des participants sera contrôlée afin de garantir la force probante du test de paternité devant la justice. Ici, le test de paternité sert clairement à identifier un père de manière certaine. C’est d’ailleurs ce à quoi renvoie le nom de l’action dans laquelle il a lieu, puisqu’il s’agit ici d’une « action en recherche de filiation ».