L’une des différences entre le test de paternité judiciaire et le test de paternité privé tient aux conséquences : le premier induit des conséquences légales, tandis que le second est purement indicatif. Ce sont justement ces implications que l’on reproche au test de paternité judiciaire, car elles sont systématiquement suivies par le juge. Pourtant, la méthode d’analyse des empreintes génétique est considérée comme étant une preuve parmi les autres. Comment dès lors, expliquer que le juge prenne systématiquement le parti de donner des conséquences légales à la réalité génétique ? Les contestataires ce ce parti pris parlent déjà de « paternité imposée ». Le terme renvoie à des hommes qui avaient décidé de ne pas assumer leur paternité à la base, mais que la justice civile a rattrapé. Après un test de paternité positif, ils ont été contraints d’endosser un rôle de père dont ils ne voulaient pas, d’où l’idée de « paternité imposée ».
Le premier argument est celui de la responsabilité devant ses actes. En effet, peu de personnes considèrent comme envisageable qu’un géniteur refuse d’assumer son rôle de père vis à vis d’un enfant qu’il a contribué à mettre au monde. C’est tout le problème des mères célibataires qui s’est posé dans certains pays au droit patrilinéaire. De ce fait, un enfant n’ayant pas de filiation paternelle reconnue risquait un ostracisme certain dans la société. Les autorités ont alors élaboré plusieurs projets de loi visant à y pallier. Une initiative de ce type au Sénégal proposait que l’on puisse imposer un test de paternité au père présumé. En cas de refus, ce dernier serait poursuivi pour non-assistance à personne en danger (à savoir la mère célibataire). De même en Algérie et au Maroc, où les gouvernements se sont prononcés en faveur d’une extension du test de paternité pour responsabiliser les hommes quant aux enfants qu’ils font. De telles dispositions se heurtent encore aux droits fondamentaux et constitutionnels, qui protègent l’intégrité du corps humain et empêche donc tout prélèvement d’ADN forcé.
L’autre raison majeure de ce choix du juge de suivre la réalité génétique, tient aux droits de l’enfant. Rappelons que dès le départ, le parent qui porte une affaire devant le juge civil le fait au nom et dans l’intérêt de l’enfant, et non pas pour sa propre personne. Ce préalable posé, le juge va également dans le sens du test de paternité en raison du droit de l’enfant à connaître ses origines. La Convention de New-York relative aux droits de l’enfant revient notamment sur ce principe, qu’elle pose donc comme fondamental. La paternité biologique va donc primer sur la paternité putative, même si la situation n’est pas à même de convenir à toutes les parties.