Lorsqu’il n’y est pas contraint, il se peut qu’un père présumé se refuse à passer un test de paternité ; or, cette possibilité relève de son droit le plus strict dans à peu près toutes les législations du monde, en raison de dispositions diverses relatives à la protection de l’individu, à la libre disposition de soi, à l’indisponibilité des empreintes génétiques… Dans un tel cas, le problème restera entier : comment la mère et/ou l’enfant feront-ils pour s’assurer de la paternité ? Les causes peuvent très bien être indépendantes de la volonté des participants : décès soudain du père ou de l’enfant, disparition, rupture de contact… Très fort heureusement, des parades existent pour pallier l’absence de prélèvement d’ADN sur le père présumé.
La première est de réaliser son test de paternité à partir d’un échantillon non-standard laissé par le père présumé. Faire ainsi permet d’éviter l’exhumation lorsqu’il est décédé, ou de passer outre le prélèvement direct de son ADN en cas de refus. Pour cela, il suffit de prendre un objet contenant des traces de l’ADN désiré. Ce peut être une brosse à dents, un mouchoir, un cure-dents, des cheveux (avec le bulbe) ou encore un vieux mégot. Tous ces objets sont aussi susceptibles les uns que les autres de contenir les empreintes génétiques de leur propriétaire. Une précision de taille s’impose cependant : l’autorisation du père présumé est très souvent nécessaire pour que le test de paternité soit valable. Ainsi, le droit français interdit tout test de paternité à l’insu des participants, sous peine d’écoper d’un an de prison et 15 000€ d’amende. Si le droit américain est plus souple en la matière, il demandera tout de même la réalisation d’un test de paternité légal ordonné par un juge pour accéder aux requêtes des plaignants.
Lorsqu’il est tout simplement impossible d’obtenir un échantillon quelconque d’ADN du père présumé, une solution de contournement existe. Elle consiste à prélever les empreintes génétiques de l’enfant afin de les comparer à ses grands-parents présumés. Si le test de paternité ainsi réalisé est positif, il y a toutes les chances pour que le père présumé le soit réellement puisque ses parents sont les grands-parents biologiques de l’enfant. Pour ce type de test de paternité, il est recommandé d’ajouter un échantillon d’ADN maternel. Cela donne une meilleure lisibilité du test de paternité pour le laboratoire, en permettant d’identifier ce qui provient du patrimoine génétique maternel dans l’échantillon d’ADN de l’enfant. Il est toutefois recommandé d’utiliser la première méthode lorsque c’est possible. Elle sera moins sujette à contestation, puisque basée sur un échantillon provenant directement du père présumé.