Ce cas reste une hypothèse fâcheuse qui implique que l’un des participants principaux refuse de donner son accord pour que soit effectué un test de paternité. Aussi gênant que cela puisse être pour la mère, c’est le droit de toute personne que de s’opposer au prélèvement de ses empreintes génétiques. La première réaction est généralement de songer à prendre un échantillon non standard à l’insu du père présumé afin de réaliser le test de paternité à son insu. Sachez alors que c’est techniquement possible, mais légalement interdit. Et les peines vont bien au delà de la simple commende d’un test de paternité en territoire interdit, puisqu’il y a là une infraction grave aux lois bioéthiques et à l’indisponibilité du corps humain et de ses produits. De plus, le laboratoire ne pourra être tenu pour responsable ou co-responsable s’il est localisé dans un pays qui autorise le test de paternité commercial. En effet, ce type de fraude implique que la mère (dans la plupart des cas) aie signé la déclaration de consentement du père présumé en plus de la sienne. De là, le laboratoire n’est pas supposé être au courant de la fraude et va tout de même réaliser le test de paternité. Il faut pourtant se rappeler que c’est une grosse prise de risque pour peu de choses, puisque ce test ne sera qu’indicatif et non judiciaire, sachant qu’en plus la personne dont les empreintes génétiques ont été prélevées sans son consentement peut légitimement porter plainte dès qu’il a connaissance de la chose.
Pour parer à ces éventualités, les laboratoires ont mis en place d’autres biais légaux pour effectuer le test de paternité. Il est par exemple possible de procéder à un test de paternité par extrapolation ; pour cela, il faut demander l’ADN de l’enfant, et celui d’ascendants du père présumé (et y inclure celui de la mère ne peut que fiabiliser d’autant plus les résultats). De là, le test indiquera s’il y a ou non lien de parenté ascendant entre les participants et l’enfant. Dans le cas de résultats positifs, l’indice d’une paternité sera très forte, puisqu’on comprendrait assez mal comment un enfant pourrait avoir pour grands-parents le père et la mère du père présumé, sans que ce dernier ne soit pourtant le père de l’enfant. Contrairement à un test de paternité fait sans autorisation, cette méthode a l’énorme avantage d’être légale d’une part, et de pouvoir servir d’argument de poids d’autre part. Il est évident que cette méthode risque d’entraîner un surcoût en raison du plus grand nombre de participants, bien qu’il faille sérieusement y songer afin de rester dans la légalité.
Un autre cas envisageable est celui du géniteur décédé au moment du test de paternité ; et encore une fois, tout prélèvement de son ADN sans autorisation expresse de son vivant est illégal. C’est pourquoi il convient en la matière d’être extrêmement prévoyant, ce que font de plus en plus de personne en ajoutant à leur testament ou leur assurance-vie une empreinte génétique permettant de parer à de telles éventualités. Elles sont généralement accompagnées du consentement écrit de la personne ,afin de lever tout doute sur sa volonté de permettre l’utilisation de cet ADN pour un test de paternité.